在淮海战役中，曾生顾全大局，勇于承担和坚决完成艰巨任务。他指挥的两广纵队，不畏强敌，勇敢战斗，出色地完成了堵击孙元良兵团突围南援黄维兵团的任务，保证了人民解放军主力先歼黄维兵团，自东线回师，再歼孙元良兵团，得到了淮海战役总前委的表扬。
1949年3月初，中央军委指示两广纵队归第四野战军统一指挥。3月上旬，曾生和雷经天到北京开会，中英军委决定把北平和平解放时起义的何宝松师归编两广纵队。会后，曾生、雷经天率领何宝松师6000人回河南许昌。这时，两广纵队有两个师，一个团，一个干部队，共1.3万余人，司令员曾生，政委雷经天，副司令员王作尧，政治部主任杨康华，副主任刘田夫，参谋长姜茂生，参谋处长邬强。
同年9月初，组成新的中共华南分局，叶剑英、张云逸、方方为书记。曾生任华南分局委员。9月中旬，曾生参加了叶剑英在江西省赣州主持召开的中共华南分局第三次会议和高干会议。会议讨论并决定了解放华南的作战计划和党政军各级领导机关的组成及干部配备等问题。根据会议的决定成立了广东省军区，叶剑英任司令员兼政委，曾生任副司令员。这次会议之后，人民解放军南下大军按解放广州所作的具体部署胜利进军。第15兵团负责中路，以广州为目标向南进击，解放翁源、新丰、佛冈、花县、从化、增城，直抵广州北郊；第4兵团为右翼，入粤解放曲江后，接着解放源潭、清远，从右翼进逼广州；两广纵队与粤赣湘边纵队汇合，负责左翼，解放和平、连平、河源、龙川、惠阳、博罗、东莞、宝安、中山，迂回广州南面。三路大军形成对广州的全面包围。10月14日，第15兵团进入广州。广州宣告解放。