当时，朱元璋和马皇后的义子兼外甥李文忠镇守严州（今浙江西部），位高权重，有人告发他有不法行为，以李文忠的地位，所谓不法行为就是造反嘛，朱元璋不假思索便立即将他调回，命他移守扬州，扬州距离京师特别近，朱元璋调他回来方便检查。关键时刻，马皇后再次出面，先是提醒朱元璋严州是军事重镇，突然调换大将是不合时宜的，然后又提醒朱元璋，李文忠是他们看着长大的，平日的表现是怎么样的朱元璋难道不知道吗，不可轻信小人的挑拨。朱元璋听后觉得依然有道理，便让李文忠还镇严州，之后李文忠果然立功，不法行为之说不攻自破。
除此之外，在朱元璋严厉要求大臣们的同时，马皇后则用自己的方法来抚慰朝中大臣，明制规定，若早朝议事过晚就留议事的大臣们吃午饭。一天，马皇后让宫人把大臣们用的午餐取来品尝，发现味道不好，于是在下朝后便提醒朱元璋要改善官员伙食，从而收拢贤才之心。本着教育强国的理念，马皇后还建议朱元璋在供养太学生的时候，也要供养太学生的妻儿们，当时也没有半工半读这么一说，一大家子少了一个壮劳力，实在度日艰难，这样一来，太学生们就免去了学习的后顾之忧。正是在马皇后建议下，朱元璋专门设立了“红板仓”，使这些学子们对朝廷感恩戴德，表示这辈子就死心塌地跟着大明干了。因马皇后在政治上发挥的作用，所以朱元璋将其比作唐太宗的长孙皇后，并称“家有良妻，犹国之良相”。
