当时,朱元璋和马皇后的义子兼外甥李文忠镇守严州(今浙江西部),位高权重,有人告发他有不法行为,以李文忠的地位,所谓不法行为就是造反嘛,朱元璋不假思索便立即将他调回,命他移守扬州,扬州距离京师特别近,朱元璋调他回来方便检查。关键时刻,马皇后再次出面,先是提醒朱元璋严州是军事重镇,突然调换大将是不合时宜的,然后又提醒朱元璋,李文忠是他们看着长大的,平日的表现是怎么样的朱元璋难道不知道吗,不可轻信小人的挑拨。朱元璋听后觉得依然有道理,便让李文忠还镇严州,之后李文忠果然立功,不法行为之说不攻自破。
除此之外,在朱元璋严厉要求大臣们的同时,马皇后则用自己的方法来抚慰朝中大臣,明制规定,若早朝议事过晚就留议事的大臣们吃午饭。一天,马皇后让宫人把大臣们用的午餐取来品尝,发现味道不好,于是在下朝后便提醒朱元璋要改善官员伙食,从而收拢贤才之心。本着教育强国的理念,马皇后还建议朱元璋在供养太学生的时候,也要供养太学生的妻儿们,当时也没有半工半读这么一说,一大家子少了一个壮劳力,实在度日艰难,这样一来,太学生们就免去了学习的后顾之忧。正是在马皇后建议下,朱元璋专门设立了“红板仓”,使这些学子们对朝廷感恩戴德,表示这辈子就死心塌地跟着大明干了。因马皇后在政治上发挥的作用,所以朱元璋将其比作唐太宗的长孙皇后,并称“家有良妻,犹国之良相”。